Zalety GMO:

- Wzrost odporności organizmów na nieporządane działania środowiskowe, np. choroby, warunki klimatyczne, itp.,
- szybszy wzrost organizmów,
- poprawa składu chemicznego i fizycznego roślin i zwierząt.

Możliwe wady GMO:

-  Zaburzenia ekosystemu,
- występują nowe rodzaje protein w roślinach transgenicznych, a także możliwa duża koncentracja endoksyn BT, które mogą powodować alergie oraz inne skutki niepożądane dla zdrowia,
- szkodliwość zmodyfikowanych roślin, które wytwarzają substancje owadobójcze, dla pożytecznych i nieszkodliwych gatunków owadów,
- rozpylanie się w sposób niekontrolowany pyłków roślin zmodyfikowanych na inne uprawy,  które w ten sposób zostają zmienione genetycznie, może to stanowić zagrożenie dla upraw ekologicznych,
- GMO powoduje nieodwracalne zmiany w organizmach,
- uwalnianie się do środowiska zmodyfikowanych genetycznie substancji,
- kontrowersyjność GMO w sferze etyki.